Вместе с организованными школами в деревнях продолжали существовать школы грамоты, сыгравшие большую роль в распространении грамотности среди крестьян. Однако в конце XIX века правительство решило использовать их как средство ограничения уровня образования крестьян и свести обучение к элементарной грамоте и нравственно-религиозному воспитанию, а потому передало их под опеку Священного Синода. Срок обучения в такой школе не превышал один — два года. Содержание обучения включало обучение чтению Часослова и Псалтири, пение молитв. Далее по степени важности было чтение гражданской печати, письмо и начальные исчисления. Выпускники этих школ получали очень низкий уровень знаний. Многие из них едва читали и почти не умели писать.
Одним из средств воздействия царского правительства и духовенства на общеобразовательный характер обучения была профессионализация сельской школы. Царское правительство видело в школе, учившие народ чрезмерно размышлять и «философствовать», угрозу государственному строю и потому старалось максимально ограничить ее общеобразовательный характер. Боясь народа, способного мыслить, они настаивали на ранней профессионализации школьного обучения, отвлекали детей от общего элементарного образования и развития. Против профессионализации начальной школы выступали все прогрессивные педагоги и деятели образования.
Выступая против профессионализации обучения в народной школе, передовые педагоги и народные учителя обращали особое внимание на тесную связь общеобразовательной подготовки с жизнью и практикой крестьянских детей. Они отмечали, что многие факты и явления, которые высказывались на страницах допущенных в народную школу официальных учебников, часто оказывались непосильными для школьников, поскольку материал, который предлагался, не учитывал их жизненного опыта и особенностей развития. Отказываясь от официальной педагогики с ее формализмом и оторванностью от жизни, много сельских учителей строили обучения на основе связи учебного материала с окружающей жизнью и практическим опытом учащихся.
Таким образом, становление начальной народной школы конца XIX — начала ХХ века в системе образования происходило в условиях жесткого противостояния. Ни правительство, ни церква не поощряли распространение образования среди крестьян, видя в этом угрозу существующему режиму, и поэтому делали все возможное, чтобы помешать развитию народной школы. Но благодаря самоотверженной работе учителей народных школ, которые зачастую выполняли не только свои непосредственные обязанности, но и, например, санитарно-оздоровительную работу среди населения, общественную работу по организации народных библиотек, дореволюционная народная школа имела определенные успехи и достижения.